Bioinformatikk (BIO510)

Dette kurset gir en omfattende oversikt over anvendt bioinformatikk og programmering, som dekker ulike nøkkeltemaer. Dette inkluderer tilgang til bioinformatikkdatabaser; dataanalyse med hjelp av sekvensjusteringer og fylogenetisk analyse; primerdesign for PCR og analyse av metabolomdata. Videre vil studentene vil lære å bruke Python-programmering for bioinformatikk. Maskinlæring og AI er inkludert i kurset.

NB! Dette er et valgemne og dersom det er færre enn 10 studenter oppmeldt pr. 20. januar for vårsemesteret, kan dette medføre at emnet ikke tilbys.

Emnet omfatter følgende emner: Bruk av gen/protein/metabolitt databaser, lokal og global sekvenssammenstilling, konstruksjon av fylogenetiske trær, og verktøy for sekvensanalyse, primer konstruksjon for PCR og RT-PCR (QPCR), metabolomikk data analyse, grunnleggende forståelse og bruk av nettverksprotokoller som FTP, HTTP og innføring i Python programmering for bioinformatikk. Dataanalyse, simuleringer, visualiseringsteknikker og kunstig intelligens (AI)-applikasjoner er inkludert.

Læringsmål:

• Å få en god oversikt over viktige bioinformatikkverktøy (sekvensjusteringer, konstruksjon av fylogenetiske trær, sekvensanalyseverktøy, analyse av metabolomdata)
• Å kunne bruke bioinformatikkprogramvare og databaser.
• Å lære primerkonstruksjon for PCR.
• Å lære grunnleggende programmering for bioinformatiske formål.
• Å få en innføring i maskinlæring For
• Å lære om kunstig intelligens (AI)-applikasjoner.

Emnet inkluderer følgende obligatoriske elementer:

• Tre obligatoriske innleveringer. Godkjente oppgaver kreves for å kunne kvalifisere til avsluttende innleveringer.
• Det kreves 80 % oppmøte i planlagte undervisningstimer for å kunne gå opp til skriftlig eksamen.

Fullført bachelorgrad.

Det er satt en laveste gjennomsnittskarakter for opptak på C.