Hopp til hovedinnhold

Bioinformatikk og beregningsorientert Biologi BIO510

Kurset omfatter følgende emner: grunnleggende forståelse og bruk av nettverksprotokoller som ftp, sftp, http og html. Bruk av gen-, protein/enzym- og strukturdatabaser (primære og sekundære databaser), primer konstruksjon for PCR og RT-PCR (QPCR), lokal og global alignment, konstruksjon av fylogenetiske trær, og verktøy for sekvensanalyse. Innføring i Perl programmering for bioinformatikk.


Dette er emnebeskrivelsen for studieåret 2021-2022. Merk at det kan komme endringer.

Fakta
Emnekode

BIO510

Versjon

1

Vekting (SP)

10

Semester undervisningsstart

Vår

Antall semestre

1

Vurderingsemester

Vår

Undervisningsspråk

Engelsk

Læringsutbytte
Studentene skal beherske grunnleggende ferdigheter i anvendt bioinformatikk blant annet grunnleggende forståelse og bruk av nettverksprotokoller som ftp, sftp, http og html, gen-, protein/enzym- og strukturdatabaser (primære og sekundære databaser), primer konstruksjon for PCR og RT-PCR (QPCR), lokal og global alignment, konstruksjon av fylogenetiske trær, og verktøy for sekvensanalyse. Basale programmeringsteknikker og bruk av datamaskin innen bioinformatikk. 
Innhold
Ved hjelp av datamaskin orienterte øvinger formidler kurset grunnleggende og praktiske ferdigheter i bioinformatikk. Kurset omfatter følgende emner: grunnleggende forståelse og bruk av nettverksprotokoller som ftp, sftp, http og html. Bruk av gen-, protein/enzym- og strukturdatabaser (primære og sekundære databaser), primer konstrukasjon for PCR og RT-PCR (QPCR), lokal og global alignment, konstruksjon av fylogenetiske trær, og verktøy for sekvensanalyse. Innføring til scripting/Perl programmering.
Forkunnskapkrav
Ingen
Anbefalte forkunnskaper
BIO100 Cellebiologi, BIO200 Biokjemi
Eksamen / vurdering
Vurderingsform Vekting Varighet Karakter Hjelpemiddel
Hjemmeoppgave 1/1 A - F

Vilkår for å gå opp til eksamen/vurdering
Obligatoriske innleveringer
Gjennomføring av obligatoriske oppgaver skal gjøres til de tider og i de grupper som er oppsatt og publisert på Canvas. Fravær på grunn av sykdom eller av andre årsaker skal snarest mulig kommuniseres til laboratorie- eller fagansvarlig. Det kan ikke påregnes å få gjennomføre lab utenom oppsatt tid hvis dette ikke er kommunisert og ny avtale gjort. Konsekvens av at du ikke har fått godkjent laboratoriearbeid er at du ikke får gå opp til eksamen i faget.
Fagperson(er)
Emneansvarlig: Heinz Peter Ruoff
Faglærer: Qaiser Waheed
Instituttleder: Ingunn Westvik Jolma
Arbeidsformer
2 timer forelesning og 2 timer datalab pr. uke. Obligatoriske innleveringer. Emnet krever grunnleggende kunnskaper i biokjemi. 
Åpent for
Om antall deltagere må begrenses, prioriteres masterstudenter på biologisk kjemi.
Emneevaluering
Skjer vanligvis gjennom skjema og/eller samtaler i henhold til gjeldende retningslinjer
Overlapping
Emne Reduksjon (SP)
Bioinformatikk (MOT290) 10
Litteratur
Pensumlisten finner du i Leganto