Bioinformatikk (BIO510)

Emnet omfatter følgende emner: grunnleggende forståelse og bruk av nettverksprotokoller som ftp, sftp, http og html. Bruk av gen-, protein/enzym- og strukturdatabaser (primære og sekundære databaser), primer konstruksjon for PCR og RT-PCR (QPCR), lokal og global alignment, konstruksjon av fylogenetiske trær, og verktøy for sekvensanalyse. Innføring i Perl programmering for bioinformatikk.


Dette er emnebeskrivelsen for studieåret 2023-2024. Merk at det kan komme endringer.

Fakta

Emnekode

BIO510

Versjon

1

Vekting (Sp)

10

Semester undervisningsstart

Vår

Antall semestre

1

Vurderingssemester

Vår

Undervisningsspråk

Engelsk

Tilbys av
Timeplan

Vis timeplan

Innhold

Ved hjelp av datamaskinorienterte øvinger formidler kurset grunnleggende og praktiske ferdigheter i bioinformatikk. Kurset omfatter følgende emner: grunnleggende forståelse og bruk av nettverksprotokoller som ftp, sftp, http og html. Bruk av gen-, protein/enzym- og strukturdatabaser (primære og sekundære databaser), primer konstrukasjon for PCR og RT-PCR (QPCR), lokal og global alignment, konstruksjon av fylogenetiske trær, og verktøy for sekvensanalyse. Innføring til scripting/Perl programmering.

Læringsutbytte

Studentene skal beherske grunnleggende ferdigheter i anvendt bioinformatikk blant annet grunnleggende forståelse og bruk av nettverksprotokoller som ftp, sftp, http og html, gen-, protein/enzym- og strukturdatabaser (primære og sekundære databaser), primer konstruksjon for PCR og RT-PCR (QPCR), lokal og global alignment, konstruksjon av fylogenetiske trær, og verktøy for sekvensanalyse. Basale programmeringsteknikker og bruk av datamaskin innen bioinformatikk. 

Forkunnskapskrav

Ingen

Anbefalte forkunnskaper

BIO100 Cellebiologi, BIO200 Biokjemi

Eksamen / vurdering

Vurderingsform Vekting Varighet Karakter Hjelpemiddel
Hjemmeoppgave 1/1 2 Uker Bokstavkarakterer

Vilkår for å gå opp til eksamen/vurdering

Obligatoriske innleveringer

Man må ha gjennomført og bestått elektronisk kurs i helse, miljø og sikkerhet før adgang til laboratoriet.

Gjennomføring av obligatoriske oppgaver skal gjøres til de tider og i de grupper som er oppsatt og publisert på Canvas. Fravær på grunn av sykdom eller av andre årsaker skal snarest mulig kommuniseres til laboratorie- eller fagansvarlig. Det kan ikke påregnes å få gjennomføre lab utenom oppsatt tid hvis dette ikke er kommunisert og ny avtale gjort.

Konsekvens av at du ikke har fått godkjent laboratoriearbeid er at du ikke får gå opp til eksamen i faget.

Fagperson(er)

Faglærer:

Heinz Peter Ruoff

Emneansvarlig:

Dmitry Kechasov

Emneansvarlig:

Mark van der Giezen

Instituttleder:

Ingunn Westvik Jolma

Arbeidsformer

2 timer forelesning og 2 timer datalab pr. uke. Obligatoriske innleveringer. 

Overlapping

Emne Reduksjon (SP)
Bioinformatikk (MOT290_1) 10

Åpent for

Om antall deltagere må begrenses, prioriteres masterstudenter på biologisk kjemi.

Emneevaluering

Det skal være en tidligdialog mellom emneansvarlig, studenttillitsvalgt og studentene. Formålet er tilbakemelding fra studentene for endringer og justering i emnet inneværende semester.

I tillegg skal det gjennomføres en digital emneevaluering minimum hvert tredje år. Den har som formål å innhente studentenes erfaringer med emnet.

Litteratur

Søk etter pensumlitteratur i Leganto